Werra utgör tillsammans med Fulda Wesers båda källfloder. Några hävdar, att Weser och Werra etymologiskt skulle vara samma namn och således en och samma flod, som skulle ha Fulda som biflod. Flodens ursprungligen germanska namn är inte med visshet fastställt, vilket däremot det romerska är - Visurgis, vilket betecknade båda floderna. Genom ljudförändringar uppstod så småningom Wisara och Wirraha, vilka sedan genom den högtyska ljudskridningen blev till Weser och Werra. Även om Werras längd råder delade meningar, eftersom två olika platser i Thüringen gör anspråk på att ha Werras källa. Den äldsta av dessa är Zeupelsberg vid Fehrenbach (1897) och den yngsta Blessberg vid Siegmundsburg. Beroende på vilken av dessa båda källor man anser vara den riktiga, anges Werras längd till 298 resp. 292 km. Sammanflödet med Fulda sker i närheten av Hann. Münden.
Werra är troligen den tyska flod, som är starkast förorenad av salter. Under de senaste 100 åren har man i Werras upptagningsområde utvunnit bl.a. kaliumsalter för användning inom gödningsmedelsindustrin och det salthaltiga avfallsvattnet har sedan letts ut i floden. Detta har sedan medfört, att floden på sina ställen har haft lika salt vatten som Östersjön, vilket nästan helt och hållet har slagit ut flodens ekologiska sötvattensystem. Under senare år har dock en vändning till det bättre skett.
Längs Werra finns markerade cykelvägar och floden i sig är väl lämpad för turer med t.ex. kanot eller gummibåt.
